Si lo reproduces en el ordenador, con el BSPlayer o el Videolan, no tendras problema ya que separan los audios y puedes elegir cual quieres. En los reproductores de sobremesa no deberias tener problemas.
Si lo que quieres es borrar uno de los audios, bajate el VirtualDubMod de 
AQUILo instalas y ejecutas. Ves a 
File > Open video file, se abre un explorador con el que buscas el fichero y lo cargas. Ves a 
Video y haces click con el boton izquierdo del raton en 
Direct stream copy. Ves a 
Streams > Stream list, te saldran los dos audios, haz click en el que quieres borrar, veras que queda resaltado, haz click en 
Disable y  en 
OK. Ves a 
File > save as y se abre una ventana donde eliges la carpeta donde lo quieres grabar y le pones nombre (vigila que la casilla 
Don't run this job... no este marcada), le das a grabar y en unos minutos lo tienes hecho.
Si te surge algun problema, dilo que te ayudare lo que pueda.
Saludos,